Penyakit pada
udang adalah salah satu faktor penghambat dalam peningkatan produksi udang.
Salah satunya adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri Vibrio sp. Penyakit
ini dapat menyebabkan kematian yang tinggi dan dianggap sebagai penyebab
kematian massal dalam budidaya udang di wilayah Asia Tenggara dan Asia Timur.
Sampel udang windu (Penaeus monodon) berumur sekitar 2 bulan diambil sebanyak
10 ekor dari tambak udang, demikian halnya air tambak dan air laut diambil
sebanyak 1 liter dari Pulau Bengkalis, Sumatera Indonesia. Demikian juga dengan
sampel udang yang diambil dari Laut Jawa di Jepara Indonesia. Sampel diambil
dengan memperhatikan tingkah laku dan fisik udang dengan kondisi tidak sehat.
Amplifikasi, sekuensing 16S rDNA, dan analisis bioinformatika untuk mengetahui
spesies Vibrio dilakukan di Biotech Center BPPT Serpong, Banten. Hasil
sequensing DNA tiap isolat bakteri dibandingkan dengan sekuen DNA pada DNA
Database Bank.
Usaha yang
dapat dilakukan untuk penanggulangan serangan Vibrio yaitu perlu dilakukan
deteksi bakteri jenis Vibrio secara tepat, karena pada lokasi perairan yang
berbeda dapat memiliki keragaman spesies Vibrio yang berbeda pula. Salah satu
teknologi terbaik yang mampu mengidentifikasi spesies Vibrio adalah dengan
mengetahui struktur DNA, yakni dengan teknik sekuens 16S rDNA. Dalam
mempelajari bakteri Vibrio penyebab penyakit udang, teknik ini merupakan teknik
yang relatif baru yang belakangan sering diterapkan karena bisa dibandingkan
dengan basis data di Gen Bank untuk mengetahui kemiripan homologi DNA dengan
bakteri yang sejenis.
Skrining
bakteri menggunakan teknik sekuens 16S rDNA merupakan suatu teknik dalam
mengidentifikasi suatu spesies organisme. Teknik ini dilakukan dengan
menganalisa struktur atau susunan basa DNA yang terdapat di daerah 16S DNA.
Seiring semakin berkembangnya dunia bioteknologi, usaha untuk menentukan jenis
spesifik bakteri penyebab penyakit pada udang secara tepat dan efisien sangat
diperlukan, guna mempermudah dalam menanggulangi penyebaran penyakit yang
disebabkan oleh bakteri patogen pada budidaya tambak udang.
Saat ini,
banyak ahli taksonomi mikrobiologi menerima bahwa studi molekuler, terutama
analisa asam nukleat merupakan metode terbaik dan terpercaya untuk menandakan
spesies dan menentukan hubungan antara organisme yang berbeda. Analisis sekuens
DNA mewakili referensi terakhir untuk mengenali subtipe dalam satu spesies atau
skrining mikroba. Idealnya, perbandingan di antara strain-strain dalam suatu
spesies dapat diketahui melalui DNA.
Penyakit pada
udang adalah salah satu faktor penghambat dalam peningkatan produksi udang.
Salah satunya adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri Vibrio sp. Penyakit
ini dapat menyebabkan kematian yang tinggi dan dianggap sebagai penyebab
kematian massal dalam budidaya udang di wilayah Asia Tenggara dan Asia Timur.
Sampel udang windu (Penaeus monodon) berumur sekitar 2 bulan diambil sebanyak
10 ekor dari tambak udang, demikian halnya air tambak dan air laut diambil
sebanyak 1 liter dari Pulau Bengkalis, Sumatera Indonesia. Demikian juga dengan
sampel udang yang diambil dari Laut Jawa di Jepara Indonesia. Sampel diambil
dengan memperhatikan tingkah laku dan fisik udang dengan kondisi tidak sehat.
Amplifikasi, sekuensing 16S rDNA, dan analisis bioinformatika untuk mengetahui
spesies Vibrio dilakukan di Biotech Center BPPT Serpong, Banten. Hasil
sequensing DNA tiap isolat bakteri dibandingkan dengan sekuen DNA pada DNA
Database Bank.
Usaha yang
dapat dilakukan untuk penanggulangan serangan Vibrio yaitu perlu dilakukan
deteksi bakteri jenis Vibrio secara tepat, karena pada lokasi perairan yang
berbeda dapat memiliki keragaman spesies Vibrio yang berbeda pula. Salah satu
teknologi terbaik yang mampu mengidentifikasi spesies Vibrio adalah dengan
mengetahui struktur DNA, yakni dengan teknik sekuens 16S rDNA. Dalam
mempelajari bakteri Vibrio penyebab penyakit udang, teknik ini merupakan teknik
yang relatif baru yang belakangan sering diterapkan karena bisa dibandingkan
dengan basis data di Gen Bank untuk mengetahui kemiripan homologi DNA dengan
bakteri yang sejenis.
Skrining
bakteri menggunakan teknik sekuens 16S rDNA merupakan suatu teknik dalam
mengidentifikasi suatu spesies organisme. Teknik ini dilakukan dengan
menganalisa struktur atau susunan basa DNA yang terdapat di daerah 16S DNA.
Seiring semakin berkembangnya dunia bioteknologi, usaha untuk menentukan jenis
spesifik bakteri penyebab penyakit pada udang secara tepat dan efisien sangat
diperlukan, guna mempermudah dalam menanggulangi penyebaran penyakit yang
disebabkan oleh bakteri patogen pada budidaya tambak udang.
Daftar Pustaka
Felix, F., T. T. Nugroho, S. Silah dan Y. Octavia. Skrining Bakteri Vibrio Sp. Asli Indonesia Sebagai Penyebab Penyakit Udang Berbasis Tekhnik 16s Ribosomal Dna. Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis. 3(2): 85-99.
View Full Article
